1933 - 1945
Mit der Machtergreifung Adolf Hitlers am 30. Januar 1933 wurde das "Luisen" in seiner Existenz bedroht. Zur Mädchenbildung hatte Hitler sich wie folgt positioniert: "Das Ziel weiblicher Erziehung hat unverrückbar die kommende Mutter zu sein."
Mit dem ersten Kriegsjahr fielen Unterrichtstage aus anderne Gründen aus: Schülerinnen arbeiteten für das Kriegswinterhilfswerk, wurden zum Luftschutz eingeteilt, zum Sanitätsdienst geschult oder halfen bei der Ernte. Zudem wurden Vorbereitungen getroffen, falls München von einem Luftangriff betroffen wäre: Lehrkräfte wurden Betriebsluftschutzleiter, es wurden Sanitäts- und Feuerlöschtrupps gebildet, Schülerinnen wurden immer wieder über das Verhalten bei Fliegerangriffen belehrt.
Herkömmliche Lehr- und Lernstoffe wurden ab 1933 "im Geist der neuen Zeit" ideologisiert. In allen Schulen wurde die Hitlerjugend als "Erziehungsmacht neben Familie und Schule" istalliert. Der Dienst in der Hitlerjugend ersetzte am Samstag den Unterricht. Ab 1939 waren fast alle Schülerinnen des "Luisen" im Bund Deutscher Mädchen (BDM). Auch auf Schulfeiern oder Abschlussfeiern wurden die Uniformen statt der Abendkleider getragen.
Der damalige Schulleiter Jobst, welcher bereits 1933 der NSDAP beitrat und überzeugter Anhänger war, ermöglichte dennoch auch Nichtparteiangehörigen an der Schule zu unterrichten. Ebenso verteidigte er die Mädchenschule nach außen und verhinderte so wohl eine Schließung. Er entließ auch keine jüdischen Schülerinnen, obwohl er die rechtliche Grundlage dazu gehabt hätte. Er ließ deren Aufnahme bis 1936 weiter zu. Nach der "Reichskristallnacht" 1938 erfolgte aber ein Erlass, der jüdischen Schüler*innn den Besuch höherer Schulen untersagte.
Ab 1941 bestimmten weitere Reformen und das Kriegsgeschehen immer mehr den Schulalltag. Unterricht fand nur noch sehr unregelmäßig statt.
Die Keller des "Luisen" wurden zum öffentlichen Luftschutzbunker für 200 Menschen, in der Turnhalle standen 94 Betten als Notquatiere für Flüchtlinge oder Obdachlose.
Zunächst blieb das Gebäude von Bomben verschont. In der Nacht vom 23. auf den 24. April 1944 wurde das Nebengebäude zerstört. Das Hauptgebäude, von 40 Brandbomben getroffen, wurde von der Feuerwehr noch gerettet. Am 22. September 1944 wurde das Gebäude beschädigt, in der Nacht des 17. Dezember brannte das Rückgebäude mit der Turnhalle nieder. Am 07. Januar 1945 zerstörte ein Luftangriff schließlich das Hauptgebäude. Der Südostflügel und Teile des Nordflügels stürzten ein, die Aula war ein Trümmerhaufen. Menschen kamen wie durch ein Wunder nicht zu Schaden.